国际上制定了统一的农药兽药残留标准(即农（兽）药最大残留限量,MRL）制定的方法和程序，我国也采用国际的标准和方法，在标准制定技术、规则和程序上与国际食品法典（CAC）和欧美日等发达国家一样。
农兽药残留标准是根据药物的毒性、农产品中药物的残留量、我们的食物消费结构，利用风险评估技术计算得出的。一般至少要经过四个步骤。一是通过哺乳动物试验来测定农药、兽药的毒性，并确定每日允许摄入量，即人一生中每日从食物或饮水中摄取某种农药和兽药而对健康没有明显危害的量。二是通过规范的残留试验研究确定农药在植物中、兽药在动物体内的代谢和降解过程，以明确农药、兽药在作物或动物体内的主要代谢产物与分布，进而确定其残留量。三是根据中国人膳食消费的量和结构，确定每一个人一天要摄入各类农产品的量及其在全部食物中所占的比值。四是通过风险评估计算确定最大残留限量值。
需要指出的是，在制定残留标准时，以最大可能的安全风险为基础，也就是以一个人一生天天吃某种农产品和可能吃的最大量来计算；在此基础上，考虑到物种间的差异以及孕妇和儿童的安全，在计算时增加了100倍的安全系数，也就是说，标准值通常为风险评估安全值的百分之一，因此标准是十分严格的，而且有很大的保险系数。所以，食品含有农药、兽药残留不可怕，只要残留量低于标准就是安全的。
按照国际惯例，残留标准制定都须遵循技术科学、规则公平和过程透明的原则。在规则上，以贸易公平为原则。须按照世界贸易组织（WTO）《贸易技术壁垒协定》（TBT协定）植物卫生措施协定》(SPS协定)透明原则的要求，向WTO成员或组织通报本国拟实施的农兽药残留标准，接受各成员对标准科学性和公平性的评议。我国制定的农药和兽药的残留标准都是经过各国政府官方评议的。在程序上，以公开透明为原则。按照《食品安全法》公开透明要求，农药残留标准制定全程向社会公开，起草阶段，需在官网上广泛征求国内社会公众和相关行业部门的意见。经国家农药残留标准审评委员会审查通过后，接受WTO各成员国的评议，评议通过后由卫计委和农业部联合颁布实施的。